En 1225 les Dominicaines de Saint-Marc s'installent à l'hôpital et à la chapelle Saint-Marc, hors des murs de Strasbourg, puis en 1230 à la plaine des Bouchers qu'elles quittent pour fonder en 1477 leur couvent à l'emplacement actuel de l'église. C'est en 1687 que les chevaliers de Malte reçoivent la clef du couvent et le dédient à Saint-Jean-Baptiste. Gravement touchée lors des bombardements alliés de 1944, elle est restaurée en 1964 par l'architecte Robert Will. L'église Saint-Jean-Baptiste s'étire le long du quai Saint-Jean, sa remarquable toiture à 3 étages est munie de lucarnes et surmontée d'un très beau clocher. L'édifice possède une nef unique plafonnée comme le choeur, elle accueille un orgue Schwenkedel, quant aux vitraux ils ont été réalisés en 1965 par Werlé. L'église Saint-Jean-Baptiste de Strasbourg est inscrite à l'inventaire des Monuments Historiques depuis 1946.